Ciao Alberto e benvenuto sul forum di Homerecording.it (se vuoi metti un'immagine come avatar, per contribuire a facilitare il riconoscimento degli utenti nelle discussioni).
L'ultima versione del programma (Audacity 2.0) supporta di default i plug-ins VST (non gli strumenti virtuali VSTi), quindi AmpliTube dovrebbe funzionare; dico dovrebbe perché non tutti i plug-ins di terze parti funzionano in Audacity.
Ad ogni modo devi semplicemente mettere il plug-in (nel caso di AmpliTube immagino tu debba specificarlo in fase di installazione) in questione nella cartella Plug-ins di Audacity.
Su Windows dovrebbe trovarsi sotto
Programmi (x86)/Audacity/Plug-ins o qualcosa del genere.
Una volta installato, riavvii Audacity; quindi apri la finestra delle Preferenze, vai alla voce Effetti, e abiliti la voce
Rescan VST effects next time Audacity is started (o la relativa traduzione in italiano).
Esci dal programma, riavvia nuovamente Audacity, e a questo punto i plug-ins VST compatibili dovrebbero essere disponibili.
Nelle versioni precedenti di Audacity (tipo la 1.2.6) dovevi invece installare prima il
VST Enabler.
Per la seconda questione, ci sono tante possibilità. Audacity è un software di editing audio, e non molto è adatto a lavorare in multitraccia su missaggi ecc...
Dai un'occhiata a questa pagina, dove sono descritti brevemente i principali software per la registrazione/missaggio multitraccia. Alcuni sono gratuiti, molti altri a pagamento (anche se ne esistono versioni entry level a prezzo contenuto):
www.homerecording.it/software/sequencer.html 
