Allora, molto probabilmente è un problema di clock non sincronizzati.
In un dispositivo digitale il clock imposta il tempo dei suoi segnali, e quando si trasferisce audio da un dispositivo ad un altro i loro clock devono essere sincronizzati. Un dispositivo deve fungere da master (ossia fornisce il clock), l'altro da slave (ossia si sincronizza con il clock fornito dal master).
Se si trasferisce audio in digitale fra due apparecchi sincronizzati, si ottiene una replica esatta bit per bit; se gli apparecchi non sono sincronizzati, ci sarà comunque un trasferimento, ma la copia non sarà esatta (e ci potranno essere disturbi sull'audio, e probabilmente anche alterazioni come nel tuo caso).
Semplifichiamo la situazione, dicendo di dover trasferire da DAT (o MiniDisc) a PC.
In questo caso sarà il registratore DAT a funzionare da master, e la scheda audio dovrà essere impostata come slave per ricevere il suo clock.
Alcuni apparecchi si sicronizzano automaticamente in base al clock che ricevono, mentre in altri va impostata la sorgente di clock. La tua scheda audio sarà impostata di default come master, e userà quindi il suo clock interno; va invece impostata come slave per sincronizzarsi con il segnale clock esterno fornito dal DAT via S/PDIF.
Purtroppo alcune schede audio consumer non permettono di cambiare la fonte di clock, ed usano sempre quella interna: in questo caso è un problema effettuare un trasferimento digitale corretto.