Per la mia esperienza suddividerei la questione in due aspetti.
- Effetto surround:
come già detto da David, per l'effetto surround un impianto 5.1 è sicuramente superiore.
Certo ci sono i fili da passare per i diffusori posteriori, i piedistalli (o delle staffe) per gli stessi, e anche l'altoparlante del canale centrale spesso non è una bellezza a vedersi, sistemato com'è in genere sopra il televisore. Insomma c'è da lavorare un po' per integrare il tutto al meglio sia sul piano funzionale (posizionamento corretto delle 5 casse e del subwoofer) che su quello estetico. Però i risultati, anche con impianti dal costo relativamente basso (tipo gli Onkyo o gli Yamaha di fascia media), per l'home cinema sono abbastanza spettacolari.
I 2.1 che ho sentito (non sono assolutamente un esperto comunque) con questi effetti di surround virtuale, suonano bene ma l'effetto surround non è paragonabile a un 5.1, è molto meno accentuato.
Fra l'altro una specie di 2.1 io ce l'ho pure, visto che ho un televisore catodico Sony Trinitron 32 ultimo modello (2005 mi pare), che aveva un audio 2.1 integrato di tutto rispetto (2 casse da 20 watts e woofer da 30 watts; molto superiore a quello dei TV piatti attuali, dove non c'è fisicamente spazio per diffusori decenti) con il Virtual Dolby Surround.
- Qualità audio e ascolto musicale:
tralasciando il discorso surround, su un piano della qualità audio, sia per l'home cinema che eventualmente anche per un utilizzo nella riproduzione musicale stereo, secondo me un 2.1 è nettamente superiore, specie alle cifre indicate. Con 5-600 euro puoi comprare due casse attive e un subwoofer di buona qualità, molto migliori rispetto ai piccoli diffusori venduti insieme a impianti 5.1 su quei prezzi.
Invece i 5.1 sulla musica stereo sono semplicemente inascoltabili, secondo me. Ho letto qualche recensione in passato di impianti che riuscivano a coniugare discretamente le due cose (usati in stereofonia per la musica, ovviamente), ma su prezzi decisamente superiori.