Si tratta, per quel ne so, di tecnologie costruttive diverse.
Nel VCA la compressione del segnale è realizzata tramite l'uso di un amplificatore controllato in tensione (VCA appunto, Voltage Controlled Amplifier).
In genere sono apparecchi flessibili e adatti a svariati utilizzi.
Nel FET per la compressione si utilizza un transistor FET (transistor a effetto di campo).
E' presente spesso in compressori più aggressivi e capaci di risposte veloci.
Dato che siamo nella categoria plug-in, immagino tu ti riferisca a riproduzioni digitali di questi compressori; ovviamente una riproduzione digitale cerca di ricreare tramite algoritmi la logica di funzionamento e il comportamento dell'hardware, e in alcuni casi il risultato si può avvicinare molto all'originale.