Salve Maurizio e benvenuto (ti invito ad aggiungere un'immagine come avatar).
Sinceramente non esporto mai file MIDI da Cubase, usando solo quel programma per il MIDI (gli esporto in formato audio per poi mixare altrove semmai), comunque in linea di massima dovresti fare così:
1) se devi semplicemente riaprire la traccia MIDI in Cubase, salvando il progetto (ovvero File->Salva), ti deve mantenere qualsiasi modifica tu abbia eseguito; non mi è mai capitato il contrario, se così fosse stai sbagliando qualcosa.
2) per esportare una parte MIDI da importare poi in un altro programma, credo tu debba fare così:
- una volta realizzate le modifiche volute (immagino tu utilizzi le automazioni, altrimenti agendo direttamente dall'Editor MIDI sulle singole note non credo avresti problemi), imposta Locatore dx e sx in modo da comprendere tutta la parte;
- dal menù MIDI, scegli la voce Unisci MIDI nel Loop;
- adesso dovrebbe essere presente una nuova traccia comprendente tutte le variazioni di volume, pan ecc... che hai inserito (se apri l'Editor Elenco, puoi verificare);
- infine, per esportare, vai su File, scegli Esporta->MIDI File...