Ovviamente non c'è una risposta semplice (e unica) alla tua domanda.
Prima di tutto, il punto della catena in cui inserisce l'equalizzatore.
Io sono per registrare "flat", e applicare l'equalizzazione come prima cosa una volta in fase di missaggio (prima di compressori, riverberi e altri effetti). Ovviamente l'equalizzazione si applica come effetto in insert.
Detto ciò, fossi in te comincerei con lo scegliere l'equalizzatore più adatto alle tue esigenze.
Io, insieme ad alcuni integrati di Audition e uno di iZotope uso spesso ReaEQ di Cockos, un EQ parametrico gratuito di ottima qualità, intuitivo e comodissimo da usare:
www.homerecording.it/software/plug-in-fi...58-reaeq-cockos.html
Una volta scelto lo strumento, comincerei a sperimentarci un po' per prenderci mano e approfondirne il funzionamento.
Quindi, passerei a lavorare con uno specifico strumento (poniamo, che ne so, la chitarra acustica).
Studia quali sono le frequenze fondamentali dello strumento stesso, e poi comincia a lavorarci con l'EQ, senza fretta, cercando di avvicinarti progressivamente al risultato voluto.
Prova ad esempio a tagliare prima di aggiungere.
Ovviamente, la ripresa su cui lavorare deve essere buona; se i problemi stanno in una cattiva ripresa, difficilmente l'equalizzazione farà miracoli.
Secondo il mio punto di vista, l'equalizzazione in generale non deve stravolgere il suono, ma semplicemente evidenziarne le qualità, i punti di forza. Togliendo eventualmente ciò che è di troppo.
Se non l'hai già fatto, dai un'occhiata a questo bellissimo trattato sul missaggio, ci sono parecchi articoli sull'equalizzazione:
www.homerecording.it/articoli/tecnica/10...una-canzone-pop.html